Ricerca sulla biologia del cancro attraverso l’analisi bioinformatica dei dati proteomici

Introduzione

Le scoperte nella proteomica per la ricerca sul cancro generano una serie di dati complessa sul significato diagnostico, prognostico e terapeutico nei tumori nell’uomo. Con l’avvento degli spettrometri di massa ad alta risoluzione, in grado di identificare migliaia di proteine in campioni biologici complessi, solo l’applicazione della bioinformatica può portare all’interpretazione di dati che possono essere rilevanti per la ricerca sul cancro.

Settori considerati

Qui, diamo una panoramica degli attuali strumenti bioinformatici utilizzati nella proteomica del cancro. Inoltre, descriviamo le loro applicazioni negli studi di proteomica nel cancro delle linee cellulari, del siero e dei tessuti, evidenziando i risultati recenti e valutando criticamente i loro esiti.

Opinione degli esperti

L’utilizzo di strumenti bioinformatici è un passo fondamentale per gestire la grande quantità di proteine (da centinaia a migliaia) che possono essere identificate e quantificate dalla proteomica in un campione biologico di cancro. Per gestire questa sfida e ottenere dati utili per la medicina traslazionale, è importante l’uso combinato di diversi strumenti bioinformatici. Inoltre, per l’impostazione migliore dei parametri degli strumenti e l’interpretazione migliore dei risultati della bioinformatica, sono essenziali un’attenzione particolare alla progettazione sperimentale globale e l’integrazione di competenze multidisciplinari sono essenziali.

Riferimento:

Manfredi M, Brandi J, Di Carlo C, Vita Vanella V, Barberis E, Marengo E, Patrone M, Cecconi D. Mining cancer biology through bioinformatic analysis of proteomic data. Expert Rev Proteomics. 2019 Sep;16(9):733-747. doi: 10.1080/14789450.2019.1654862. Epub 2019 Aug 14. PMID: 31398064.

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Mining cancer biology through bioinformatic analysis of proteomic data

Introduction

Discovery proteomics for cancer research generates complex datasets of diagnostic, prognostic, and therapeutic significance in human cancer. With the advent of high-resolution mass spectrometers, able to identify thousands of proteins in complex biological samples, only the application of bioinformatics can lead to the interpretation of data which can be relevant for cancer research.

Areas covered

Here, we give an overview of the current bioinformatic tools used in cancer proteomics. Moreover, we describe their applications in cancer proteomics studies of cell lines, serum, and tissues, highlighting recent results and critically evaluating their outcomes.

Expert opinion

The use of bioinformatic tools is a fundamental step in order to manage the large amount of proteins (from hundreds to thousands) that can be identified and quantified in a cancer biological samples by proteomics. To handle this challenge and obtain useful data for translational medicine, it is important the combined use of different bioinformatic tools. Moreover, a particular attention to the global experimental design, and the integration of multidisciplinary skills are essential for best setting of tool parameters and best interpretation of bioinformatics output.

Riferimento:

Manfredi M, Brandi J, Di Carlo C, Vita Vanella V, Barberis E, Marengo E, Patrone M, Cecconi D. Mining cancer biology through bioinformatic analysis of proteomic data. Expert Rev Proteomics. 2019 Sep;16(9):733-747. doi: 10.1080/14789450.2019.1654862. Epub 2019 Aug 14. PMID: 31398064.

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